El sistema pedagògic de Súnion té quatre elements plenament interrelacionats:

• Els alumnes s’agrupen en grups naturals, grups reduïts de set o vuit, que es formen lliurement a partir de les afinitats afectives dels membres que el formen.
• L’horari canviant, al servei de l’aprenentatge dels alumnes, i la diversitat de recursos i de procediments configuren la didàctica de Súnion que es basa en el paper dinamitzador del professor, en l’activitat de l’alumne/a i en el treball en grup.
• L’organització de l’espai i del temps de les activitats escolars varia cada setmana. Tot això en funció d’allò que cal aprendre i de com és més eficaç que ho facin els nois i les noies. L’ objectiu és que assoleixin  bons aprenentatges i bones competències que els facin tan aptes com sigui possible.
• Els professors i les professores són educadors, a través de les seves matèries, com a tutors de quatre grups naturals i com a encarregats, juntament amb els alumnes, del bon funcionament de diverses àrees escolars.

Els grups naturals
La instància social més valorada pels adolescents és la colla d’amics, és a dir, el grup natural. La vida de l’adolescent és plena de canvis, d’interrogants i de descobertes. El grup natural esdevé, doncs, garantia de seguretat i d’ajuda. En el marc del grup natural, els nois i les noies es comporten més tal com són, de manera que les situacions personals i de relació amb els altres es manifesten més nítidament, la qual cosa en facilita la intervenció educativa.
Cadascun dels components del grup natural assumeix dues responsabilitats: la funció de monitor d’una de les matèries i la funció de delegat d’un dels serveis escolars.

Són funcions del monitor:

• Assumir el control de la marxa quotidiana del grup en la "seva” matèria.
• Organitzar, gestionar i avaluar activitats que de la matèria en qüestió fa el grup.
• Participar amb el professor en la presa de decisions pel que fa a continguts, metodologia, activitats i avaluació de la matèria.

Un cop a la setmana i dins de l'horari lectiu, cada alumne/a participa en la gestió d'un dels serveis escolars, que s'han distribuït entre els membres del grup:

• Àudiovisual
• Equipament
• Reparacions
• Informàtica
• Comunicació
• Intendència
• Coordinació
• Medi ambient
• Editorial

Aquesta contribució en el bon funcionament de l'Escola es completa, periòdicament, amb el servei de manteniment, que és l'aportació dels nois/es al bon estat de neteja i d'ordre dels espais escolars.

L’horari canviant
L’organització del temps i de l’espai a Súnion s’expressa a través de l’horari. L’horari és flexible i funcional. És flexible perquè canvia cada setmana d’acord amb la seqüència d’activitats que el professor de cada matèria ha dissenyat. Els divendres apareix al web l’horari de la setmana següent i es reprodueix a les pantalles de les diverses plantes de l'Escola. També es pot consultar a través d'una aplicació de mòbil. I, finalment, l’horari és funcional perquè permet que les activitats programades puguin modificar-se ja que s'adapten, en tot moment, al procés viu d’ensenyament/aprenentatge. 

La didàctica
La metodologia didàctica de Súnion es basa en tres principis:

• L’activitat:
  • l’aprenentatge ha de ser actiu, és a dir, l’alumne/a ha de ser el protagonista dels seus aprenentatges.
• Els recursos:
  • el material didàctic de cadascuna de les matèries propi de Súnion és el dossier digital dissenyat pel mateix professorat. Els dossiers consten d’una part impresa i d’una part digital. La part digital és a la intranet de l’escola basada en la plataforma Moodle que facilita l’accés als materials multimèdia i interactius.
• L’aprenentatge entre els alumnes: 
  • els alumnes aprenen dels adults i també dels iguals. Per això, el treball en grup i les tasques cooperatives no només promouen habilitats socials sinó que també n'afavoreixen l’aprenentatge.

El professorat
El professorat a Súnion és, fonamentalment, l'organitzador i l’animador del procés d’aprenentatge dels alumnes. La seva activitat, encaminada a crear les condicions òptimes en què s’ha de desenvolupar aquest procés, gira al voltant de tres eixos:

• El didàctic, com a responsable de l’ensenyament/aprenentatge d’una matèria.
• El pedagògic, com a conseller (tutor) de quatre grups naturals.
• El de la gestió escolar, com a responsable del funcionament d'un servei de l'Escola.